В 2015 году Аффлек расстался со своей супругой Дженнифер Гарнер. Их брак длился на протяжении десяти лет, где у них родились трое детей. Причина развода так и осталась тайной для поклонников. Гарнер даже выгнала бывшего супруга из дома, и некоторое время он скитался по гостиницам. Позже супруги все же пришли к согласию и наладили отношения ради детей.